1989年9月25日∼10月3日，被評為全國先進工作者，應邀出席在北京召開的全國勞動模范和先進工作者表彰大會，參加國慶40周年觀禮活動。

　　1991年8月14日∼8月22日，應日本學會邀請，赴日本作兩系雜交稻研究新進展學術報告。
　　
　　1991年9月29日∼10月10日，在美國參加洛克菲勒基金年會。
　　
　　1991年11月2日，任湖南省農業科學院名譽院長。
　　
　　1992年1月13日∼1月15日，出席并主持在湖南長沙召開的國際水稻無融合生殖會議。
　　
　　1992年4月20日∼4月27日，率中國代表團參加在菲律賓國際水稻研究所召開的第二屆雜交水稻國際學術討論會。
　　
　　1992年7月28日∼8月4日，受聯合國糧農組織委托赴印度作雜交水稻方面的學術報告。
　　
　　1992年10月22日∼11月13日，受聯合國糧農組織委托以首席顧問身份赴印度指導雜交水稻技術3星期。
　　
　　1993年4月10日∼4月22日，赴美國布朗大學出席菲因斯特拯救飢餓獎儀式，夫人鄧哲應邀陪同前往。
　　
　　1993年5月19日，受聘為湖南省留學人員聯誼會顧問。5月20日受聘為國務院學位委員會審核博士生指導教師通訊評議專家組成員。
　　
　　1993年11月17日∼12月10日，受聯合國糧農組織委托第三次赴印度傳授雜交水稻技術。
　　
　　1993年12月30日，撰寫《對大面積推廣玉米稻要持慎重態度》一文，由湖南省農業廳以湘農函(1993)种字113號轉發，對于穩定湖南糧食產量起到重大作用。
　　
　　1994年2月28日∼3月12日，赴美國休斯敦与美國水稻技術公司草簽合作開發兩系雜交稻協議。
　　
　　1994年5月14日，赴印度尼西亞參加洛克菲勒基金會年會。
　　
　　1994年9月23日∼9月25日，袁隆平在湖南長沙主持全國雜交水稻專家顧問組組長碰頭會。
　　
　　1995年1月，獲首屆何梁何利基金生物學獎。
　　
　　1995年2月，赴美水稻技術公司參加學術年會。
　　
　　1995年5月，當選為中國工程院院士。
　　
　　1995年10月，獲聯合國糧農組織“糧食安全保障”榮譽獎章。
　　
　　1995年12月16日，“國家雜交水稻工程技術研究中心”在“湖南雜交水稻研究中心”的基礎上正式成立，袁隆平任主任。
　　
　　1996年5月，獲日本經濟新聞社“日經亞洲獎”。
　　
　　1996年7月，出席在湖南省張家界市召開的“863”計划重大技術項目复審會議。
　　
　　1996年8月，出席在四川省雙流縣舉行的兩系雜交稻現場會。

　　1996年9月11日，出席由中宣部与中華全國總工會在北京人民大會堂聯合舉行的全國科技十杰表彰大會，發表題為《攀登雜交水稻研究新高峰，解決中國人吃飯問題是我的畢生追求》的演講。
　　
　　1996年10月18日，出席由何粱何利基金會在北京舉辦的學術報告會，作《從雜交稻育种領域看糧食增產潛力，中國有能力解決吃飯問題》的學術報告。
　　
　　1996年11月，出席在杭州舉行的東亞地區洛克菲勒基金會水稻生物技術國際學術討論會并作學術報告﹔參加在印度舉行的“第三屆雜交水稻國際會議”。
　　
　　1996年12月，出席姜春云副總理主持召開的農業專家座談會，共商農業丰收大計﹔兩院院士評出國內重大科技進展新聞，兩系雜交稻技術獲重大突破的新聞，名列榜首。
　　
　　1997年1月，出席由農業部召開的五省五大作物工作會議。
　　
　　1997年3月，赴美國休斯敦出席水稻技術公司年會，應邀赴緬甸指導雜交水稻生產。
　　
　　1997年4月，出席在北京舉行的“第二屆中國國際農業科技年會國際种業學術討論會”﹔在安徽農科院舉辦的“863”計划1997年兩系雜交(粳)稻技術培訓班上講課。
　　
　　1997年8月，獲國際農作物雜种优勢利用“杰出先驅科學家”榮譽稱號。
　　
　　1997年9月，在長沙出席并主持“農作物兩系法雜种优勢利用國際學術討論會”，作了題為《農作物兩系法雜种优勢利用的現狀与前景》的學術報告。
　　
　　1997年11月，參加在武漢召開的“863”計划生物領域農業專題年會﹔在《雜交水稻》第6期上發表《雜交水稻超高產育种》的重要論文。
　　
　　1998年2月，參加農業部种植業專家顧問組工作會議。
　　
　　1998年4月，應邀赴緬甸指導雜交水稻技術。
　　
　　1998年8月，應邀赴北戴河休假期間，向朱　基總理呈送“申請總理基金專項支持超級雜交水稻選育”的報告，得到高度重視。朱　基總理批示﹕“國務院全力支持這個研究”，并撥經費1000万元予以支持﹔參加在北京召開的第18屆國際遺傳學大會，作《超高產雜交稻選育》報告。
　　
　　1998年9月，應邀赴埃及參加第十九屆水稻國際委員會會議﹔接受香港鳳凰衛視中文台節目主持人楊瀾采訪。
　　
　　1998年10月，參加在上海舉行的“第六屆國際水稻分子生物學會議”。
　　
　　1998年11月，出席在廣西北海舉行的“863”計划生物領域“九五”計划課題年度報告會議﹔獲日本“越光國際水稻獎”。
　　
　　1998年12月，出席在廣東肇慶舉行的“863”計划“超級雜交稻”項目會議。
　　
　　1999年4月底，出席由全國總工會、中央電視台舉辦的“五一”晚會，并作為嘉賓登台向全國觀眾致意。
　　
　　1999年6月，赴浙江武義主持“兩系雜交稻”現場會﹔“袁隆平農業高科技股份有限公司”正式挂牌成立。

　　1999年9月，“袁隆平農業科技獎”首屆頒獎儀式暨“袁隆平學術思想与科研實踐研討會”在長沙舉行（袁隆平農業科技獎基金會是在“雜交水稻獎勵基金的基礎上發展而來的）﹔應邀赴北京參加國慶50周年觀禮。
　　
　　1999年10月，出席在越南舉行的“亞洲雜交水稻協作网會議”﹔出席在杭州舉行的“水稻遺傳育种國際學術討論會”﹔出席在北京人民大會堂舉行的“袁隆平星”命名儀式。
　　
　　1999年12月，出席由中宣部、科技部、人事部聯合在北京人民大會堂隆重舉行的全國“杰出專業技術人才”表彰大會，榮獲“杰出專業技術人才”金質獎章，發表題為《發展雜交水稻，造福世界人民》的演講﹔出席在深圳舉行的“863”計划生物領域農業專題1999年年會。

　　2000年3月底至4月初，赴菲律賓國際水稻研究所參加水稻科研會議，宣讀《超級雜交稻育种》論文，并對湖南雜交水稻研究中心設在菲律賓的雜交稻試种基地進行現場考察。
　　
　　2000年，袁隆平主持的國家“863”計划兩系法雜交水稻研究項目通過科技部的驗收。其中，他直接指導取得的“兩用核不育系‘培矮64S’的選育及其應用研究”成果，2001年獲國家科技進步一等獎﹔5月31日，以袁隆平名字命名的袁隆平農業高科技股份有限公司股票“隆平高科”在深交所上网定价發行﹔8月，以袁隆平名字命名的高等院校“袁隆平科技學院”在湖南成立，袁隆平出任名譽院長。