2003年10月1∼4日，胡錦濤總書記在湖南調研期間，3日專程赴袁隆平院士主持的國家雜交水稻工程技術研究中心，詳細察看了超級雜交稻選育項目的進展情況，充分肯定了他們作出的重大貢獻。
　　
　　2004年3月，出任國家雜交水稻工程技術研究中心天津分中心首席科學家。
　　
　　2004年5月，袁隆平獲得沃爾夫獎，以色列總統為其頒獎。
　　
　　2004年8月，袁隆平院士應馬來西亞元首基金會邀請對馬來西亞進行考察訪問。
　　
　　2004年9月，袁隆平獲得泰國國王金鐮獎。
　　
　　2004年9月，受到來華訪問的菲律賓總統阿羅約的接見，并授給嘉獎令。
　　
　　2004年9月8—10日，主持雜交水稻研究40周年紀念大會暨國際雜交水稻与世界糧食安全論壇。
　　
　　2004年10月，中國超級雜交稻研究第二期目標現場實測在深圳市龍崗區進行。有關專家對48畝實驗田的超級雜交水稻晚稻的實測結果表明﹕每畝高達847公斤，標志著中國超級雜交稻育种研究繼續領跑世界。
　　
　　2004年10月，袁隆平獲得美國世界糧食獎基金會頒發的世界糧食獎。
　　
　　2004年11月，湖南省人民政府召開慶功大會祝賀袁隆平院士榮獲“世界糧食獎”，并發出《湖南省人民政府關于對袁隆平院士給予嘉獎的決定》。
　　
　　2004年11月27日至12月2日，袁隆平赴菲律賓參加“國際水稻年慶祝儀式暨世界水稻大會”。
　　
　　2004年年底，袁隆平獲評中央電視台“感動中國•2004年度人物”十大人物之一。
　　
　　2005年2月，推廣超級稻品种和技術，寫進了本年中央“一號文件”。
　　
　　2005年4月，授聘江西省科技顧問。
　　
　　2005年7月16日，來湘考察指導工作的中共中央政治局常委、全國政協主席賈慶林一行到國家雜交水稻工程技術研究中心考察，袁隆平院士匯報雜交水稻研究應用情況。
　　
　　2005年8月13日下午，國務院總理溫家寶專程前往國家雜交水稻工程技術研究中心，了解雜交水稻研究情況，看望袁隆平院士。溫家寶總理高度評价袁隆平的貢獻，殷殷囑托袁隆平在新的起點，創造新的奇跡﹗當听說這天是袁隆平75歲的生日時，總理隨后派人送去生日蛋糕為他祝壽。
　　
　　2005年9月，《喜看稻菽千重浪——記首屆國家最高科技獎獲得者袁隆平》一文入選普通高中課程標准實驗教科書《語文（必修5）》（簡稱廣東版）﹔

　　2005年，被貴州省人民政府聘為貴州省農業科學院顧問。
　　
　　2005年10月19日上午，應外交部邀請，袁隆平在外交部第四期大使參贊學習班上作有關雜交水稻的報告。
　　
　　2005年11月，在2005年亞太地區种子協會（APSA）年會上，袁隆平院士被授予“APSA杰出研究成就獎”。
　　
　　2006年4月25日，美國科學院外籍院士評選揭曉﹕袁隆平當選美國科學院外籍院士。
　　
　　2006年9月20∼21日，袁隆平院士出席由中宣部、中國倫理學會、湖南省委宣傳部、長沙市委舉辦的第三屆中國公民道德論壇并發言。
　　
　　2006年9月，袁隆平院士作為湖南省“喜迎党代會創新在三湘”全省重大典型之一，在湖南省主要媒体上集中宣傳。
　　
　　2006年9月至10月，分別赴上海松江、安徽蕪湖驗收超級雜交稻百畝片。
　　
　　2006年10月22日，袁隆平赴京參加中共中央舉行的“紀念長征胜利七十周年”大會。
　　
　　2006年10月24日，袁隆平院士在國家雜交水稻工程技術研究中心會見中國農業發展銀行副行長孟獻斌一行時表示，我國用3畝地面積生產目前4畝地糧食的夢想將在10年內成為現實。
　　
　　2006年11月30日，湖南省委常委中心組進行集中學習，袁隆平就雜交水稻的發展在中心組講科普課。
　　
　　2006年12月11日，袁隆平入選2006“感動湖南”十大人物。
　　
　　2006年12月17日，由國家發改委、科技部、中科協、中科院等部委評定的“2006中國最具影響力創新成果”等獎項揭曉，袁隆平与牛根生、馬蔚華、柳傳志、李書福等獲2006中國最具影響力創新成果領軍人物。
　　
　　2006年12月25日，北京大學校長、中科院植物生理生態研究所學術委員會主任許智宏院士一行，專程造訪“雜交水稻之父”袁隆平。袁隆平介紹了超級雜交水稻的研究進展。許智宏表示，袁院士領銜的超級雜交稻三期目標是一項造福人類的偉大工程，我們所有從事植物生理學的專家，都愿為您主持的這一宏偉計划服務。
　　
　　2007年1月16日，袁隆平隨溫家寶總理出席中菲農業合作情況交流會。這是他第30次到菲律賓指導和研究雜交水稻技術的推廣。溫家寶總理說﹕“這次我點名讓袁隆平作為特邀專家隨團訪問菲律賓，袁隆平的言行反映了中國人民和廣大農業科技人員的心聲。”
　　
　　2007年1月28日，“和諧中國•2006年度影響力人物”大獎在京頒發，袁隆平位列獲獎首席。
　　
　　2007年2月9日，長沙高新區重獎在知識創新、創富、創牌方面功勛卓著的企業和個人。袁隆平等科學家和企業家分別獲獎。
　　
　　2007年2月17日召開的湖南省農村工作會議決定，“把袁隆平院士的‘种三產四’工程作為糧食生產的重要支撐，力爭今年全省推廣超級稻800万畝以上、發展优質稻4000万畝。”
　　
　　2007年3月12日，袁隆平向來訪的商務部副部長魏建國提出建議，希望在湖南建立雜交水稻國際援助研發中心，加快雜交水稻的國際發展步伐。
　　
　　2007年3月16日，袁隆平赴香港中文大學聯合書院參加“杰出學人到訪”活動，并作學術報告。他表示﹕在第一、第二階段取得良好成果的基礎上，第三階段超級雜交水稻育种計划已順勢推出，目標是在2015年將每畝水稻產量提高到900公斤，并達到“种三產四”，即种植3畝田，產出原來4畝田的稻谷。