2006年9月25日，中國种子協會公布了中國种業五十強企業的評選名單(中种協[2006]14號)，中國种子集團公司再次入選中國种業五十強并繼續蟬聯榜首。中國种子集團公司此次入選充分說明作為中央直屬的唯一大型國有种子企業在行業中所具有的廣泛影響力以及在農民中所具有的良好的企業信譽度。

    中國种業五十強企業評選活動是中國种子協會按照農業部的有關精神對中國种子企業的整体實力的評估，在國內外具有重要的影響。評選根据企業評价指標体系，以种子企業的新品研發、生產的標准化及營銷网絡三大体系的建設及管理整合能力為基本考察點，通過企業運行和發展的規模性、收益性、成長性、創新性及种子質量保証体系建設等五個方面進行評定。此次評選經過各省种子管理站的推荐和評定，共有83家种子企業進入“中國种業50強”的候選名單。按照企業申報、省級初審、指標評价、行業互評、專家評議的程序，最終評選出中國种子集團公司等50家企業為“2006年中國种業五十強企業”。在此前2002年組織的中國种業百強評選及2004年組織的中國种業50強評選中中國种子集團公司均位居榜首。

    中國种子集團公司將一如既往，以“發展种業，服務人民”為企業宗旨，努力實現“為農民提供优良品种与技術服務﹔為合作者提供合理商業利益﹔為投資者創造最大企業价值﹔為員工創造長期發展的事業平台”的企業使命。繼續加大科研力度重視自有品种的研發，為農民提供更多的优質高產的种子。繼續發揮央企的行業主導作用，為我國种業的戰略安全承擔重任，為我國的農業發展做出應有的貢獻。