無土栽培基質長時間使用會聚積病菌和虫卵，尤其連作條件下，因為長期种植一种植物，更容易發生病虫害。因此，每茬作物收獲以后，下一次使用之前，對基質進行消毒是很有必要的。
常見基質消毒方法有以下几种﹕

   （1）蒸汽消毒   凡是有條件的地方，可將要消毒的基質裝入柜或箱中。生產面積較大時，基質可以堆成20厘米高，長寬根据地形而定，全部用防水防高溫布蓋上，通人蒸汽后，在70∼90℃條件下，消毒1小時即可，效果較好，且比較安全。

   （2）化學藥劑消毒常用的藥劑有以下几种﹕

    1.40％甲醛   又稱福爾馬林，是一种良好的殺菌劑，但對害虫效果較差。一般將40％的原液稀釋50倍，用噴壺將基質均勻噴濕，覆蓋塑料薄膜，經24∼26小時后揭膜，風干2周后使用。

    2.氯化苦   氯化苦為液体，能有效地殺死線虫、昆虫、一些雜草种子和病原真菌。先將基質整齊堆放30厘米厚，長寬根据具体情況而定。在基質上每隔30厘米打一深為10∼15厘米的孔，每孔內用注射器注入5毫升氯化苦，隨即將孔堵住，再在其上鋪30厘米厚的基質，用同樣的方法打孔注射氯化苦，共鋪2－3層基質，然后蓋上塑料薄膜，熏蒸7∼lO天后，揭開塑料薄膜，風干7∼8天后即可使用。

    氯化苦對植物及人体有毒害作用，使用時務必注意安全。

    3.溴甲烷    該藥劑能有效地殺死大多數線虫、昆虫、雜草种子和一些真菌。使用時將基質堆起，然后用塑料管將藥液引注到基質上并混勻，每立方米用藥100∼200克。混勻后用薄膜覆蓋密閉5∼7天，然后揭開薄膜，晾晒7∼10天后。

    溴甲烷有劇毒，使用時要注意安全。

    4.威百菌該藥劑是一种水溶性熏蒸劑，對線虫、雜草和一些真菌有殺傷作用。使用時1升威百菌加入10－15升水稀釋，然后噴洒在10平方米基質表面，施藥后用塑料薄膜密封基質，15天以后可以使用。

    5.漂白劑(次氯酸鈉或次氯酸鈣)  該消毒劑尤其适合礫石、沙子基質的消毒。一般在水池中配制含有效氯0.3％－1％的藥液，浸泡基質半小時以上，最后用清水沖洗，消除殘留氯。此法簡便迅速，短時間即可完成。

    (3)太陽能消毒法藥劑消毒法雖然方便，但安全性差，并且會污染周圍環境，而太陽能消毒法是一种廉价、安全、簡便适用的消毒方法。

    具体方法是，在夏季高溫季節，在溫室或大棚中把基質堆成20∼25厘米高，長、寬視具体情況而定，噴濕基質，使基質含水量超過80％，然后用塑料薄膜覆蓋基質堆，如果是槽培，可直接澆水后在上面蓋薄膜即可，密閉溫室或大棚，曝晒10－15天﹒消毒效果良好。