貯藏中藥材一定要与其他樹木、蔬菜、糧食和草种分開存放，避免混雜。在貯存前，要徹底清除其雜草和泥土等雜質。貯存房間要進行常規消毒，嚴防藥种受到污染。

　 控制好水分。含油類多的藥材种子水分要控制在8~9％，一般种子水分應控制在12~13％，因為水分過高种子容易霉變。貯藏中藥材种子的環境最佳溫度應控制在10℃左右，溫度過高，种子呼吸旺盛，將消耗自身貯藏的營養，降低發芽率。 用磚木墊高，在离地50厘米以上的地方貯藏中藥种子，不可直接把中藥种子放在地面上，以免受潮而影響發芽率。貯藏室要注意通風換气。中華种子网提醒您﹕千万不要用塑料袋密封中藥材种子。因為塑料不透气，种子被迫進行無氧呼吸，會產生酒精和有机酸等有毒物質，失去發芽率。

　 不要把中藥材种子与農藥、化肥一齊存放，不可受到煙气熏蒸。